基因測(cè)序,,讓你認(rèn)識(shí)不一樣的新冠病毒讓你認(rèn)識(shí)不一樣的疾控人
經(jīng)過疫情防控的歷練,,核酸檢測(cè)大家應(yīng)該耳熟能詳。但基因測(cè)序可能鮮為人知,。
究竟什么是基因測(cè)序,?基因測(cè)序在新冠疫情防控工作中能起到什么樣的作用,?它的重要性又體現(xiàn)在哪里呢?為了更深入地了解基因測(cè)序工作,,讓我們走近基因測(cè)序組的隊(duì)員,,將病毒“解剖”得更細(xì)。讓你認(rèn)識(shí)不一樣的新冠病毒,、讓你認(rèn)識(shí)不一樣的疾控人,。
“我們中心疫情防控檢測(cè)組承擔(dān)著全省新冠病毒基因測(cè)序工作。省內(nèi)各市,、州核酸檢測(cè)機(jī)構(gòu)確認(rèn)陽性且病毒載量較高的樣本,,省疾控中心都將進(jìn)行新冠病毒基因測(cè)序工作。通過檢測(cè)新冠病毒的全基因組序列,,再將這個(gè)序列通過算法與數(shù)據(jù)庫中的數(shù)據(jù)進(jìn)行比對(duì),,可以初步判斷該份樣本地域來源。將序列與既往病例序列進(jìn)行比對(duì),,如果序列在同一進(jìn)化樹分支上,,則可以判斷這些病例來自同一傳播鏈或傳染源”。疫情防控檢測(cè)組組長(zhǎng),、微生物實(shí)驗(yàn)室主任蘭光給我們介紹以上情況的時(shí)候也是剛從實(shí)驗(yàn)室出來不久,,忙了一下午,,還沒顧得上吃飯,打回來的飯菜已經(jīng)涼透了……
“我們整個(gè)溯源流程包括了樣本的準(zhǔn)備,、文庫的構(gòu)建,、測(cè)序和生物信息學(xué)分析等步驟,每個(gè)步驟之間都要求工作人員做到無縫銜接”,。
“目前實(shí)驗(yàn)室檢測(cè)出來的所有陽性標(biāo)本都會(huì)進(jìn)行全基因組測(cè)序,,測(cè)序工作結(jié)束以后,對(duì)序列進(jìn)行分析,,然后將它的序列跟最早武漢一些早期病例的序列做一個(gè)對(duì)比,,分析它的突變類別,基本上可以分析出來是哪個(gè)型,,比如我們最后確定“德爾塔”型就是通過測(cè)序分析出來的,。病毒基因序列測(cè)定完成后,還要馬上進(jìn)行生物信息學(xué)分析,,將病毒序列與數(shù)據(jù)庫中的序列進(jìn)行比對(duì),,查看有無變異位點(diǎn),進(jìn)行同源性比較,。同時(shí)也跟其他省的一些病例進(jìn)行對(duì)比分析傳染的來源,、途徑,對(duì)后期的防控可以起到一定的指導(dǎo)意義,。在完成數(shù)據(jù)比對(duì)后,,還要及時(shí)撰寫溯源報(bào)告。現(xiàn)在二代測(cè)序的結(jié)果最快15小時(shí)左右就出數(shù)據(jù)了,。得到的數(shù)據(jù)我們要繼續(xù)做序列的分析,,同時(shí)把原始數(shù)據(jù)傳給國(guó)家疾控中心,國(guó)家疾控中心用這個(gè)序列跟近期各省的病例做了一個(gè)對(duì)比,,把分析的結(jié)果再反饋給我們,。”
李保娣,,病原生物實(shí)驗(yàn)室副主任技師,,先后獲得“流行季H7N9防控工作先進(jìn)個(gè)人”“甘肅青年五四獎(jiǎng)?wù)隆薄案拭C省衛(wèi)生健康行業(yè)優(yōu)秀青年人才”等榮譽(yù)稱號(hào)。在此次新冠肺炎疫情防控中,,沖鋒在現(xiàn)場(chǎng)采樣,、實(shí)驗(yàn)室檢測(cè)、現(xiàn)場(chǎng)技術(shù)指導(dǎo)工作的第一線,,和戰(zhàn)友們一起通宵達(dá)旦,,全力以赴地開展新型冠狀病毒的核酸檢測(cè)工作,發(fā)揮省級(jí)疾控中心一錘定音的作用。本次新冠肺炎疫情發(fā)生以來,,李保娣她們第一時(shí)間趕赴嘉峪關(guān)支援開展全員核酸檢測(cè)工作,,在完成25000余份標(biāo)本核酸檢測(cè)任務(wù)后,又接到了基因測(cè)序任務(wù),,緊急返回蘭州,,開始了全省的新冠病毒陽性病例標(biāo)本的全基因組測(cè)序工作。除了全省新冠病例陽性標(biāo)本的收集整理,、二代測(cè)序,,更重要的是負(fù)責(zé)所有全基因組序列的拼接、比對(duì),、分析、溯源和所有序列數(shù)據(jù)的報(bào)送等,。截止11月7日15:30,,甘肅省疾控中心基因測(cè)序團(tuán)隊(duì)累計(jì)完成19批共計(jì)115份鼻咽拭子標(biāo)本的基因測(cè)序及拼接分析,獲得108條全基因組序列,。
劉小菊,,基因測(cè)序組的“排頭兵”。別看工齡不長(zhǎng),,干起工作來卻毫不馬虎,。在接到任務(wù)的第一時(shí)間就進(jìn)入“戰(zhàn)斗”崗位,做好接受核酸樣本的所有準(zhǔn)備工作,。當(dāng)天的凌晨12點(diǎn),,本次疫情的第一份核酸樣本到了,她就和其他的“戰(zhàn)友”們一頭扎進(jìn)了實(shí)驗(yàn)室,,開始測(cè)序建庫實(shí)驗(yàn),。不巧的是,就在實(shí)驗(yàn)接近尾聲時(shí)機(jī)器卻出現(xiàn)了故障……,,真讓人欲哭無淚,,心急如焚。埋怨,、懊惱,、甚至憋屈都放在一邊,排查故障才是第一要?jiǎng)?wù),,否則后續(xù)樣本測(cè)序的進(jìn)度將受到影響,。于是,全組隊(duì)員行動(dòng)起來,,聯(lián)系工程師,,查閱故障手冊(cè),幾經(jīng)努力,問題最終得以解決,,所有隊(duì)員臉上露出了欣慰的笑容,。而此時(shí),時(shí)針已經(jīng)指向了第二天的9時(shí),,又是一個(gè)通宵,。當(dāng)談到這段小插曲時(shí),她的興致很高,,完全忘記了當(dāng)時(shí)從身體到精神都接近崩潰的狀態(tài),。
陪伴基因測(cè)序隊(duì)員的除了冰冷的機(jī)器、枯燥的工作流程還有大量的測(cè)序數(shù)據(jù),。堅(jiān)強(qiáng)的意志,、超強(qiáng)的耐力,崇高的職業(yè)使命感是他們堅(jiān)守的精神支柱,。她們的“抗疫戰(zhàn)場(chǎng)”在負(fù)壓新冠病毒核酸檢測(cè)實(shí)驗(yàn)室,,一份份核酸檢測(cè)標(biāo)本,一個(gè)個(gè)準(zhǔn)確無誤的檢測(cè)結(jié)果是他們“戰(zhàn)疫”的成果,。如果說,,基因測(cè)序這樣高、精,、尖的技術(shù)對(duì)大家來說只是聽聽,,你平時(shí)只是偶有聽說,但是這次的疫情防控中配合流調(diào)組的疫情追蹤溯源卻發(fā)揮了他與眾不同的作用,。有這樣一個(gè)真實(shí)的案例:一個(gè)確診病例,,我們的流調(diào)隊(duì)員在流調(diào)溯源的過程中,發(fā)現(xiàn)他的活動(dòng)軌跡比較復(fù)雜,,接觸人員也很多,,通過首次排摸,他與近5日內(nèi)的確診病例并不存在時(shí)空交集,,經(jīng)過一再的詢問,,終究沒有得到有用的線索。正當(dāng)大家一籌莫展的時(shí)候,,基因測(cè)序的結(jié)果出來了,,發(fā)現(xiàn)這個(gè)病例與我省之前報(bào)告的某一個(gè)確診病例的基因型是高度同源的。通過流調(diào)隊(duì)員第二輪的排摸和大數(shù)據(jù)分析,,發(fā)現(xiàn)該病例與這個(gè)確診病例在某地有時(shí)空交集,,并從患者那里得到了證實(shí)。至此,,細(xì)節(jié)得以重現(xiàn),,傳播鏈條也得以清晰展現(xiàn),迅速排查這個(gè)點(diǎn)潛在的風(fēng)險(xiǎn),精準(zhǔn)鎖定密接人員讓流調(diào)組欣喜異常,?;驕y(cè)序?yàn)楸静±牧餍胁W(xué)調(diào)查提供了有力的技術(shù)支撐,功不可沒,、居功至偉,。
若能護(hù)你歲月靜好,疾控人甘愿負(fù)重前行,。這真不是一句口號(hào),,而正是全體疾控人正在日夜奮斗的原因。
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